Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Sidoarjo merupakan relokasi dari SPIAIN/MAN Jombang pada tanggal 18 Maret 1979 dengan nomor statistik Madrasah 311351512004 yang bertempat di Jalan Gajah Mada Nomor 76 Sidoarjo. Gedung yang ditempati saat itu statusnya masih menyewa dan bekas sekolah Tionghoa. Pada waktu itu yang menjadi Kepala Madrasah adalah   H. Sri Suparto, SH mulai tahun 1980-1988.

Pada tanggal 27 Juli 1987 MAN Sidoarjo pindah ke lokasi Jl. Jenggolo Belakang Stadion Sidoarjo sebelah timur Sekolah Menengah Ekonomi Atas Negeri (SMEA Negeri). Tanah yang ditempati gedung MAN Sidoarjo sudah menjadi hak milik dengan nomor sertifikat tanah 7818/89 yang luasnya 3.947 m2. Pada tahun 1988 ada pergantian Kepala Sekolah dari H. Sri Soeparto, SH. digantikan Drs. H. Moh. Cholid sampai tahun 2001. Dalam tahun 1994 ada penambahan tanah seluas 2.458 m2 dengan nomor sertifikat 355/94 dan tahun 1999 ada penambahan lagi seluas 1.119 m2 dengan nomor sertifikat 006/99. Jadi jumlah luas tanah MAN Sidoarjo saat ini adalah 7.524 m2.

Berdasarkan kurikulum 1975, MAN Sidoarjo pada awalnya membuka dua jurusan yaitu program IPA dan program Agama, kemudian pada tahun 1982/1983 membuka satu program jurusan lagi yaitu IPS. Selanjutnya pada tahun pelajaran 1985/1986 berdasarkan atas perubahan kurikulum sekolah lanjutan tingkat atas, maka dalam hal ini MAN Sidoarjo membuka tiga program jurusan, yaitu Program Agama, Ilmu Biologi dan Ilmu Sosial. Pada tahun pelajaran 1989/1990 dibuka lagi program ilmu Fisika. Dengan demikian MAN Sidoarjo memiliki empat pilihan program. Sejak keberadaannya di Jl. Jenggolo Blk Stadion, perkembangannya cukup bagus, baik dari segi lingkungan maupun sarana pendidikannya. Pembangunan sarana fisik terus meningkat, lebih-lebih tempatnya yang strategis bagi pendidikan karena jauh dari kebisingan dan keramaian kota ditambah letaknya di antara sekolah-sekolah umum yang favorit di Sidoarjo seperti SMAN 1, STM Perkapan, SMKK, dan SMEA Negeri. Kesemuanya itu menjadikan MAN harus berani berkompetitif baik dalam kualitas maupun kuantitas.

MAN Sidoarjo yang dapat dikatakan berada di jantung kota Sidoarjo merupakan satu-satunya Madrasah Aliyah Negeri di Sidoarjo. Sebab hanya ada satu MAN saja sedang yang lainnya swasta. Oleh sebab itu tidak heran jika masyarakat Sidoarjo yang mayoritas beragama Islam ini sangat besar perhatiannya terhadap MAN Sidoarjo. Kepercayaan masyarakat Sidoarjo dapat dibuktikan dengan semakin banyaknya jumlah pendaftar calon siswa baru setiap tahunnya. Namun sayang sekali daya tampung Madrasah sangat terbatas, sehingga tidak semua pendaftar bisa diterima di MAN Sidoarjo.

Dengan diberlakukannya kurikulum tahun 1994, MAN Sidoarjo membuka 2 pilihan program, yatu program IPA dan IPS. Kebijakan ini diambil setelah kurangnya minat siswa memilih program bahasa dan MAK. Sampai pada tahun 2010 terjadilah pergantian kepala sekolah MAN Sidoarjo, dari Drs. H. Moh. Cholid yang memang sudah waktunya purna tugas digantikan oleh Drs. H. Abd. Shomad, M.Ag. yang berasal dari kepala MTsN Tlasih Tulangan Sidoarjo, Selama kepemimpinan beliau perkembangan MAN Sidoarjo terus meningkat, terutama dari kuantitas pendaftar setiap tahunnya. Program yang dicanangkan salah satunya didirikannya asrama putri dengan memberikan kegiatan tambahan baik akademik maupun keagamaan.

Pada tahun 2006 ada pergantian H. M. Maksum AF, SH, M.Pd. yang berasal dari MAN Mojokerto. Selama dalam kepemimpinan beliau upaya untuk mengembangakan kemajuan MAN Sidoarjo terus berjalan. Pemberlakuan kurikulum berbasis kompetensi (KBK) dan KTSP dan usaha menuju RSBI / RMBI (Rintisan Madrasah Berbasis Internasional). Beberapa sarana dan prasarana baik fisik maupun non fisik sudah ditata dengan harapan MAN Sidoarjo di masa mendatang dapat menjadi salah satu pilihan masyarakat untuk mencari lembaga pendidikan di Sidoarjo.

Oleh karena beliau juga sudah purna tugas maka kepemimpinan di MAN Sidoarjo mulai tahun 2009 dipegang oleh Drs. Kusnan, M.Pd yang sebelumnya tugas di MTsN Krian Sidoarjo. Upaya untuk meningkatkan kemajuan MAN Sidoarjo terus dilakukan, antara lain dimulainya kerjasama dengan Institut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS) Surabaya dalam bidang Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK) dalam Program Pendidikan Setara D1 Teknologi Informasi dan Komunikasi (PRODISTIK) yang sekarang diubah menjadi Program Pendidikan Terapan Bidang Teknologi Informasi dan Komunikasi (PRODISTIK). Pengembangan secara fisik juga dilakukan yaitu dengan membangun masjid Al Hikmah MAN Sidoarjo yang diresmikan pada tanggal 14 Januari 2016 oleh Kepala Kantor Wilayah Kementerian Agama Propinsi Jawa Timur, Drs. Mahfudh Shodar, M.Ag.

Pada bulan Mei tahun 2016 Drs. Kusnan, M.Pd purna tugas, maka kepemimpinan di MAN Sidoarjo untuk sementara dipegang oleh Plt Kepala Madrasah, Drs. Ahmad Fauzi, M.Pd sampai bulan November 2016. Mulai bulan Desember 2016 kepala madrasah digantikan oleh Drs. Abd. Jalil, M.PdI, dari MAN 1 Gresik. Pengembangan MAN Sidoarjo juga terus diupayakan antara lain didirikannya asrama pondok pesantren Al Hkmah yang diresmikan pada taggal 16 Agustus 2017 oleh Kepala Kantor Kementerian Agama, Drs. Syamsul Bahri, M.PdI. Tujuannya adalah memberikan pembinaan pendidikan keagamaan khususnya bimbingan baca kitab kuning sistem cepat baik secara kwantitatif maupun kwalitatif dan bimbingan akademik yang lebih intensif.  Selain itu dalam rangka meningkatkan pembentukan karakter seluruh peserta didik, maka diadakan penambahan program kegiatan madrasah yaitu meningkatkan Bimbingan Baca Tulis Al Quran dan Tahfidzul Quran serta gerakan sholat jamaah Dhuhur dan Dhuha.